Vyhodnocení výsledků získaných protokolem RapidSeq probíhá narozdíl od všech ostatních protokolů Sangerova sekvenování bez zásahu lidské ruky. Každý výsledek je ihned po dokončení elektroforézy v sekvenátoru algoritmicky zpracován a automaticky odesílán klientům.

Dovolujeme si upozornit, že vlastní elektroforetická separace v sekvenátorech může generovat určité chyby, kterým nelze předejít, a které typicky mohou vyžadovat opakování elektroforézy. Současně se může stát, že automatický algoritmus vyhodnotí výsledky neoptimálně, i když elektroforéza proběhne v pořádku. Oba případy mohou vyžadovat zásah našeho operátora, jenž takový vzorek buď podrobí opakované elektroforéze nebo upraví parametry analýzy. K tomuto zásahu operátora ovšem při sekvenaci protokolem RapidSeq nedochází.

Příklady těchto chyb (a neoptimálních výsledků) jsou uvedeny zde.

Četnost výskytu elektroforetických separačních chyb je přibližně asi 1-2% (jeden až dva vzorky ze sta mohou vyžadovat opakování elektroforézy). Četnost výskytu neoptimálního automatického vyhodnocení nelze uvést, protože významně závisí na způsobu přípravy vzorků a jejich charakteru (např. GC obsahu, přítomnosti primerových dimerů apod.).

Opakovanou elektroforézu vzorků analyzovaných protokolem RapidSeq neprovádíme.