Vzorky musí být po první PCR přečištěny a dodány přesně v koncentraci dle návodu. Příliš nízká koncentrace by mohla vést k nízkému výtěžku PCR, vysoká koncentrace k rozdílným výtěžkům nebo i inhibici reakce (vysoká koncentrace DNA může být spojena s vysokou koncentrací inhibitorů). Vzorky prosím dodávejte ve stripech nebo 96-jamkových destičkách.
Je nezbytně nutné, aby vzorky byly opatřeny přesahy, rovněž musí být odstraněny přebytečné primery nebo adaptéry, zbytky enzymů atd.
Celková délka fragmentů DNA musí být mezi 200 a 900 bp!
Používáme sekvenování ShareSeq, kde se cena za zpracování vzorků dostává na snesitelnou hladinu.
Vzhledem k tomu, že naše vzorky jsou velmi specifické (nekultivovatelné RNA viry), bylo nutné vytvořit vlastní postup. Při tomto s námi firma SEQme úžasně spolupracovala, takže hned zpracování prvního zkušebního vzorku bylo úspěšné. V každém případě mohu firmu SEQme doporučit jak pro rutinní vyšetřování vzorků pomocí sekvenace, tak pro náročnější projekty vyžadující modifikované postupy. Jsou velmi pružní a kreativní.
