Illumina

Záleží na typu a průběhu zpracování objednávky.

Pokud připravujete knihovny vy, objem dat negarantujeme a to ani když knihovna projde naší kontrolou kvality. Pokud připravujeme knihovny my a připravené knihovny projdou kontrolou kvality, pak v případě ShareSeq datových balíčků objem dat garantujeme a v případě sekvenování na celé dráze garantujeme minimální objem dat, uvedený v našich technických specifikacích. Pokud dodané vzorky a/nebo námi připravené knihovny z nějakých důvodů neprojdou kontrolou kvality a klient přesto dá pokyn k sekvenování, objem dat negarantujeme.

Vezměte prosím na vědomí, že ačkoliv vždy vyvíjíme maximální úsilí pro dosažení co nejlepšího výsledku, nikdy nemáme všechny faktory ovlivňující úspěch či neúspěch projektu plně pod kontrolou (např. kvalitu/čistotu vzorků). Kromě toho některé kroky v základní analýze dat (příkladem je quality trimming) mají významný a dopředu neodhadnutelný vliv na množství získaných dat. 

Na druhé straně si na základě svých zkušeností dovolujeme být optimisté a jsme hrdi na to, že dodáváme klientům vysoké objemy velmi kvalitních dat.

Pacific Biosciences

Sekvenování na přístrojích Pacific Biosciences je velice citlivé na kvalitu vzorku a od toho se také odvíjí úspěšnost sekvenace. Množství dat je dále ovlivněno délkou templátu. Tím vzniká velice široké rozpětí možného množství dat, které můžete získat. O správném technickém provedení sekvenace na přístrojích PacBio vypovídá nejvíce hodnota P1 (Productivity 1), která popisuje procentuální zastoupení jamek generujících uniformní a tedy čitelný signál. Tato hodnota by měla být >40%. Ovšem v případě, že budeme po této technologii chtít něco pro ni atypického, například sekvenovat krátké amplikony, pak může být i nižší hodnota P1 možným maximem. Celkový výtěžek dat tedy nelze garantovat.

Oxford Nanopore

Pro sekvenování na přístrojích Oxford Nanopore platí obdobná pravidla jako pro přístroje Pacific Biosciences. Navíc ovšem schopnosti sekvenačních čipů (počet aktivních pórů) se velmi liší dodávku od dodávky. Proto i ve specifikacích výrobce je produktivita jednotlivých čipů udávána ve velkém rozpětí (např. 1-2 Gb (Flongle) až 100-300Gb (Promethion)). Proto i zde je velice obtížné garantovat výtěžek dat.