Návody a dotazy

V jaké formě dostanu výsledky sekvenování?

Data (výsledky) můžete od nás dostat v libovolném formátu. Pokud však nemáte žádné konkrétní požadavky, obdržíte od nás následující standardní výstupy sekvenování:

 


Technologie Illumina

Data

  • Single-end sekvenování - 1 samostatný soubor FASTQ pro každou subknihovnu (tj. každý index nebo kombinaci indexů)
  • Paired-end sekvenování - 2 samostatné FASTQ soubory (Mate1.fastq a Mate2.fastq) pro každou subknihovnu (tj. každý index nebo kombinaci indexů)
  • Data budou de-multiplexována na základě kombinace indexů a adaptérů a komprimována ve formátu .gz.

Zprávy

  • Zpráva o kontrole kvality vzorků (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
  • Zpráva o kontrole kvality knihovny (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
  • Zpráva o sekvenování (základní statistika, použité reagencie)
  • Popis zpracování hrubých dat
  • MultiQC zpráva (formát html)

 


Technologie PacBio

Data

  • CLR mode (Continuous Long Read) – CLR ready ve formátu BAM a fastq
  • CCS mode (Circular Consensus Sequencing) – HiFi ready ve formátu BAM a fastq
  • Data budou de-multiplexována podle přiřazených SMRT indexů a adaptérů, doplněna informací o použitých indexech ve formátu .pbi (např. demux.subreads.bam + demux.subreads.bam.pbi a demux.CCS.bam + demux.CCS.bam.pbi)

Zprávy

  • Zpráva o kontrole kvality vzorků (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
  • Zpráva o kontrole kvality knihovny (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
  • Zpráva o sekvenování (základní statistické zhodnocení - počet bází a readů, průměrná délka readů, N50)

 


Technologie Oxford Nanopore

Data

  • Data ve formátu FAST5 (raw data) v členění:
    • fast5_pass - obsahuje raw ready před basecallingem, které prošly kontrolou kvality
  • Data ve formátu FASTQ v členění:
    • fastq_pass - obsahuje .fastq které prošly kontrolou kvality

Zprávy

  • Zpráva o kontrole kvality vzorků (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
  • Zpráva o kontrole kvality knihovny (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
  • Zpráva o sekvenování (základní statistika, použité reagencie)
  • Popis zpracování hrubých dat
  • Zpráva o sekvenování (html formát)

 

Naši bioinformatici vám mohou poskytnout jakýkoli datový výstup, který budete potřebovat, včetně vývoje postupu analýzy dat na míru vašim potřebám a výsledkům. Pro více informací nás prosím kontaktujte.

Zpět na seznam
© SEQme s.r.o., 2012 - 2024. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
Webdesign Vibes Vision