Návody a dotazy

Filtr:

Chtěl/a bych u vás koupit sekvenátor, je to možné?

Rozhodně ano. Máme v nabídce repasované přístroje s variabilní kapacitou, která uspokojí různé požadavky: model 310 (jednokapilární, cca 20 vzorků/den), 3130 (čtyřkapilární, cca 50-100 vzorků/den) a ...

Číst

Na jaké typy qPCR přístrojů provádíte zaškolení?

Jsme schopni provést zaškolení obsluhy pro jakýkoliv typ qPCR přístroje. Historicky se specializujeme na přístroje značky Applied Biosystems...

Číst

Nabízíte ke koupi repasované sekvenátory, co to přesně znamená?

Jedná se o přístroje, které již byly využívány a jejich předchozí majitel o ně z jakýchkoliv důvodů neměl více zájem, např. z důvodu již nepostačující kapacity nebo naopak nízkého využití. Tyto přístroje v naší společnosti prošly tzv. repasem, tzn. byly kompletně rozebrány v podstatě do posledního šroubku ...

Číst

Mám zájem o kurz qPCR, ale nejsou vypsány žádné termíny. Znamená to, že kurzy už nebudete pořádat?

Nikoliv. Kurzy pořádáme pravidelně minimálně dvakrát ročně a pokud není vypsán žádný termín, stačí pravidelně sledovat naše stránky nebo se registrujte k odběru našeho newsletteru, dříve nebo později se termín objeví.

Číst

Proč nabízíte pouze repasované a nikoliv nové sekvenátory?

Politika výrobce (firma Thermo Fisher Scientific, dříve Life Technologies, dříve Applied Biosystems) je prodávat nové přístroje přímo. Takže nový sekvenátor vám nemůžeme nabídnout. Problém, na který ale narazíte, požadujete-li nový stroj, je, že výrobní řada nových sekvenátorů je omezená a začíná přístrojem s kapacitou ...

Číst

Chci se na kurz registrovat jako fyzická osoba, jak to mám udělat?

Náš registrační formulář je primárně určen pro klienty, kterým hradí účast na kurzech zaměstnavatel, takže při registraci je požadováno IČ. Pokud se chcete registrovat jako fyzická osoba a nemáte tudíž vlastní IČ, prosím kontaktujte nás. Vaši registraci vyřešíme mimo naše webové stránky. Děkujeme za pochopení.

Číst

Nevyznám se v nabídce sekvenátorů, podle čeho se mám orientovat?

Klíčovým parametrem při volbě stroje je jeho kapacita. Tím se rozumí počet současně zpracovávaných vzorků. K dispozici jsou modely 310 (jednokapilární = 1 vzorek „současně“), 3130 (4 vzorky současně) a 3130xl (16 vzorků současně). Tyto přístroje se již neprodávají nové, ale jsou dostupné v repasovaných verzích...

Číst

Nabízíte design a optimalizaci qPCR?

V tuto chvíli nenabízíme laboratorní služby na poli qPCR, soustředíme se na školení, analýzy dat a servis přístrojů. Dlouhodobě však plánujeme rozšíření našich qPCR služeb i do oblasti laboratorní, jako právě návrh a optimalizace esejí.

Číst

Je možné zakoupit nový sekvenátor Applied Biosystems® 310 nebo 3130/xl?

Bohužel není a to ani u výrobce. Nabízíme však plně repasovaný přístroj a poskytneme na něj plnou záruku.

Číst

Jak mám objednat Next-Generation sekvenování?

Veškeré objednávky se zadávají přes naše webové rozhraní. Abyste mohli analýzy objednat, musíte...

Číst

Jak mám objednat Sangerovo sekvenování nebo fragmentační analýzu?

Veškeré objednávky se zadávají přes naše webové rozhraní. Abyste mohli analýzy objednat, musíte...

Číst

Proč bych si měl/a objednat sekvenátor nebo jeho servis právě u vás?

Máme mnohaleté zkušenosti se servisem a provozem sekvenátorů a Real-Time PCR cyklerů Applied Biosystems. Naši zaměstnanci byli zaškoleni výrobcem jak k provádění servisu tak pro následnou aplikační podporu...

Číst

Můžu provozovat sekvenátor Applied Biosystems® 310 s novějším operačním systémem než je Windows XP?

Ano, můžete. Nabízíme upgrade tohoto modelu na verzi s Windows 7 s tím, že vaše platné licence pro vyhodnocovací programy převedeme, tzn. nebude nutné, abyste si kupovali nové.

Číst

Proč bych měl/a sekvenátor Applied Biosystems® 310 upgradovat na Windows 10?

Operačnímu systému Windows XP již skončila podpora ze strany Microsoftu. V praxi to znamená, že vaše IT oddělení může požadovat odpojení tohoto počítače z počítačové sítě a v horším případě jeho úplnou likvidaci. Operační systém Windows XP nelze ...

Číst

Nabízíte i upgrade sekvenátoru Applied Biosystems® 3130/xl na Windows 10?

Ano. Stejně jako u modelu 310 je výhodou našeho řešení, že vaše platné licence pro vyhodnocovací programy převedeme, tzn. nebude nutné, abyste si kupovali nové. Takže využijete stávající GeneMapper, Sequencing Analysis a další software a náklady na provedení upgrade jsou tak minimalizovány.

Číst

Obecné pokyny k přípravě vzorků

Objednáváte-li sekvenování nebo fragmentační analýzu ve zkumavkách, pro zasílání vzorků používejte preferenčně 0.2 ml stripy, protože se s nimi dobře pracuje.

Číst

Pokyny pro přípravu vzorků

Dodržujte prosím vždy pokyny uvedené v našem návodu.

Číst

Jaké jsou požadavky na elektroinstalaci při instalaci / přestěhování přístroje 3130 nebo 3130xl?

Rozhodně doporučujeme použít záložní zdroj (UPS - Uninterruptable Power Supply), což pro vás můžeme zajistit na klíč. Pak lze provozovat přístroj zapojený do běžné zásuvky 220V/16A. Výhodou ...

Číst

Jaké jsou požadavky na klimatizaci místnosti určené pro provoz sekvenátoru?

Teplota laboratoře, v níž jsou přístroje umístěny, by měla být 15-25°C, sekvenátory ale obecně produkují hodně tepla. Např. teplotní výkon spuštěného sekvenátoru model 3130/xl je ...

Číst

Jak mám zaslat vzorky?

Doporučujeme vložit vzorky do rychlouzavíracího igelitového sáčku. Vzorky na fragmentační analýzu je možné (nikoliv nutné) zabalit do alobalu, který brání prostupu světla.

Číst

Doporučujete používat v sekvenátorech jiné než originální reagencie a spotřební materiál, např. kapiláry, polymery, pufry apod.?

Rozhodně ne. Jakkoliv se to může zdát cenově výhodné, jsou s tím jenom potíže. Zejména neoriginální polymery (tzn. ne značky Applied Biosystems) mají kratší životnost, při jejich použití se častěji vyskytují ...

Číst

Pokyny pro sekvenování zákazníkem připravených knihoven (pouze Illumina)

Zde jsou uvedeny požadavky, které musí splňovat vámi připravené knihovny.

Číst

Pokyny pro přípravu vzorků na DNA metabarcoding - Paralelní sekvenování amplikonů (pouze Illumina)

Vzorky musí být po první PCR přečištěny a dodány přesně v koncentraci dle návodu.

Číst

Speciální pokyny pro přípravu vzorků - technologie PacBio

Před odesláním vzorků pro sekvenování technologií PacBio čtěte prosím tyto pokyny.

Číst

Speciální pokyny pro přípravu vzorků - technologie Oxford Nanopore

Před odesláním vzorků pro sekvenování technologií Oxford Nanopore čtěte prosím tyto pokyny.

Číst

StandardSeq – Jak připravit vzorky

Vzorek je templát smíchaný v jedné zkumavce / jamce se sekvenačním primerem, nebo templát samotný, pokud požadujete některý z našich univerzálních primerů. Templát je PCR produkt nebo plazmid.

Číst

Pokyny pro zasílání vzorků

V principu záleží, o jaké vzorky jde a jak jsou zpracovány, ale obecně doporučujeme zasílat vzorky chlazené, nelze je tedy zasílat prostřednictvím schránek na vzorky...

Číst

RapidSeq - Jak připravit vzorky

Použijte prosím návod pro protokol StandardSeq.

Číst

ColonySeq - Jak připravit vzorky

Vzorek je bakteriální kolonie z agaru, bakteriální kultura nebo zásobní glycerolový roztok. Tento protokol je navržen pro středně- až vysoko-kopiové plazmidy (> 10 kopií na buňku).

Číst

CleanSeq - Jak připravit vzorky

Vzorek je nepřečištěný PCR produkt (alikvot PCR reakce) případně jiný vhodný templát, který lze enzymaticky přečistit. Současně musíte zaslat sekvenační primer(y), nebo zvolit některý z našich univerzálních primerů.

Číst

HairpinSeq - Jak připravit vzorky

Vzorek je typicky plazmid s klonovanou vlásenkou nebo GC-bohatým úsekem v cílové oblasti případně PCR produkt. V ceně protokolu HairpinSeq je zahrnuta obousměrná sekvenace (forward i reverse).

Číst

Jaký je rozdíl mezi nabízenými sekvenačními protokoly?

StandardSeq je základní protokol, kdy váš vzorek prostě sekvenujeme. CleanSeq je vlastně StandardSeq, jemuž předchází přečištění templátu. HairpinSeq je speciální protokol ...

Číst

Jak probíhá vyhodnocování výsledků protokolem RapidSeq?

Vyhodnocení výsledků získaných protokolem RapidSeq probíhá narozdíl od všech ostatních protokolů Sangerova sekvenování bez zásahu lidské ruky.

Číst

Fragmentační analýza - Jak připravit vzorky

Vzorek je typicky PCR produkt nebo směs PCR produktů, které jsou fluorescenčně značené. PCR produkty nemusí být přečistěné, většinou plně postačí, pokud zašlete alikvot PCR reakce.

Číst

Můžu data do objednávkového formuláře kopírovat?

Rozhodně ano. Vytvořte (např. v Excelu) tabulku s třemi sloupci – název vzorku, sekvence primeru a délka templátu (platí pro StandardSeq, CleanSeq, ReadySeq). Pro HairpinSeq tabulku se čtyřmi sloupci – název vzorku, sekvence prvního primeru, sekvence druhého primeru a délka templátu.

Číst

Jak mám měřit koncentraci DNA/RNA?

Používejte měření na bázi fluorescence jako je Qubit nebo Picogreen assay, je specifické pro DNA/RNA.

Číst

Univerzální primery

Nabízíme řadu univerzálních primerů, které zdarma přidáme k vašim templátům.

Číst

Moje vlastní primery

Pro návrh vlastních primerů je potřeba si uvědomit, že pro sekvenování je správně navržený primer naprosto zásadní předpoklad...

Číst

Jaké primery používáte pro taxonomickou analýzu (na základě 16S rDNA genu a dalších oblastí)?

Pro sekvenační taxonomickou analýzu lze použít různé hypervariabilní genové úseky. Primerové kombinace, které používáme ...

Číst

Jak mám zadávat sekvence primerů?

Pro sekvence primerů použijte symboly ACGTN, v případě degenerovaných bází použijte IUPAC kódy (BDHRYKMSWV) a “I“ pro Inosin. Pokud jsou ...

Číst

Chci použít svůj vlastní primer, který používáte jako univerzální, jak to mám udělat?

Chcete-li použít např. váš vlastní M13F primer, máte dvě možnosti. Buď údaje o něm ve formuláři vůbec neuvedete a pouze ho přidáte do vzorku (protokol StandardSeq), nebo si ho v části Moje primery ...

Číst

Jak mám zadávat délku templátů?

Je-li templátem PCR produkt, zadejte jeho celkovou délku. Je-li templátem plazmid s klonovaným inzertem, zadejte celkovou délku templátu (plazmid plus inzert). U protokolu ReadySeq je délka templátu nepovinný údaj.

Číst

V objednávkovém formuláři pro Sangerovo sekvenování je nastaven limit pro velikost templátu. Proč?

Ano, to je pravda, templát musí být v rozsahu 100 bp až 20.000 bp. Sekvenovat templáty kratší než 100 bp je poměrně neobvyklé. Uvažujeme-li primer o délce 20 bází ...

Číst

Můžu data do objednávkového formuláře pro NGS kopírovat?

Rozhodně ano. Vytvořte (např. v Excelu) tabulku se třemi sloupci – název vzorku, koncentrace, objem. Názvy vzorků musí být unikátní...

Číst



Když objednávám NGS, měl/a bych poskytnout nějaké doplňující údaje o vzorcích?

Ano. Zadáváte-li objednávku, musíte zadat koncentraci a objem každého vzorku...

Číst

Jakou kapacitu sekvenátoru si mám alokovat?

Alokace se odvíjí od celé řady faktorů např. počtu vzorků, průměrné délky fragmentů...

Číst

Nedaří se mi odeslat objednávku

Pokud se vám po zadání údajů do objednávkového formuláře a odkliknutí objednávky objeví informace, že nebyl zadán žádný vzorek ...

Číst

V jaké formě dostanu výsledky sekvenování?

Data (výsledky) můžete od nás dostat v libovolném formátu. Pokud však nemáte žádné konkrétní požadavky, obdržíte od nás následující standardní výstupy sekvenování.

Číst

Kde a jak dlouho jsou dostupné výsledky?

Informace o zpracování všech objednávek Sangerova sekvenování / Fragmentační analýzy jsou k dispozici na našem webu. Výsledky budou zpřístupněny ve vašem uživatelském profilu a tamtéž je lze i stáhnout.

Číst

Jak předplatit sekvenační služby?

Klikněte na odkaz Nová předplatba v nastavení vašeho účtu a vyplňte formulář pro předplacení našich služeb. Částka, která má být předplacena, se uvádí bez DPH, systém automaticky připočte DPH dle platných předpisů. Jakmile potvrdíte zadání, bude Vám automaticky vystaven platební doklad, na jehož základě můžete ...

Číst

Garantujete objem dat, jaký při NGS získám?

Záleží na typu a průběhu zpracování objednávky.

Číst

Co se s mými NGS vzorky stane ve vaší laboratoři?

Prvním krokem je kontrola kvality (měření koncentrace, analýza na gelu či bioanalyzeru apod.).

Číst

Co když moje NGS vzorky neprojdou kontrolou kvality ve vaší laboratoři?

Zásadním předpokladem úspěchu NGS je, že dodáte dostatečné množství kvalitního materiálu.

Číst

Budou data, která dostanu, analyzovaná?

Záleží na tom, co si objednáte. Všechny vzorky vždy projdou povinnou primární analýzou dat...

Číst

Kde a jak dlouho jsou dostupné výsledky NGS sekvenování?

Informace o zpracování všech objednávek NGS jsou k dispozici na našem webu. Výsledky budou zpřístupněny ve vašem uživatelském profilu, a to včetně hrubých dat, výsledků analýzy dat, doplňkových dat atd. a tamtéž je lze i stáhnout.

Číst

Jak předplatit sekvenační služby?

Klikněte na odkaz Nová předplatba v nastavení vašeho účtu a vyplňte formulář pro předplacení našich služeb. Částka, která má být předplacena, se uvádí bez DPH, systém automaticky připočte DPH dle platných předpisů. Jakmile potvrdíte zadání, bude Vám automaticky vystaven platební doklad, na jehož základě můžete ...

Číst

Chci se na kurz NGS registrovat jako fyzická osoba, jak to mám udělat?

Náš registrační formulář je primárně určen pro klienty, kterým hradí účast na kurzech zaměstnavatel, takže při registraci je požadováno IČ. Pokud se chcete registrovat jako fyzická osoba a nemáte tudíž vlastní IČ, prosím kontaktujte nás. Vaši registraci vyřešíme mimo naše webové stránky. Děkujeme za pochopení.

Číst

Chci vaše sekvenační služby využít jako soukromá osoba, jak to mám udělat?

Nejprve jenom stručný popis naší práce pro laiky. Naše společnost se zabývá sekvenováním (=čtením) DNA. To je proces, v němž je poskytnutý vzorek DNA nebo RNA (např. z rostlin, hub nebo živočichů) "přečten" ve speciálním přístroji.

Číst

Chci vaše sekvenační služby využít jako soukromá osoba, jak to mám udělat?

Nejprve jenom stručný popis naší práce pro laiky. Naše společnost se zabývá sekvenováním (=čtením) DNA. To je proces, v němž je poskytnutý vzorek DNA nebo RNA (např. z rostlin, hub nebo živočichů) "přečten" ve speciálním přístroji.

Číst

Další otázky?

Neváhejte nás kontaktovat
Rádi vám odpovíme.

Richard Nádvorník
+420 602 102 790
info@seqme.eu

© SEQme s.r.o., 2012 - 2024. Všechna práva vyhrazena. Právní upozornění.
Webdesign Vibes Vision