Rychlý sekvenační protokol pro plazmidy a pcr produkty, automatická analýza dat.
Nejrychlejší protokol v naší nabídce Sangerova sekvenování. Všechny vzorky došlé do naší laboratoře (pro všechny protokoly) jsou zpracovávány současně, ale vzorky pro protokol RapidSeq jsou v sekvenátorech analyzovány přednostně a jejich výsledky vyhodnocovány automaticky. První výsledky tedy můžete čekat asi po 10 hodinách od doručení vzorků.
Zasíláte nám templát, který je připraven na vlastní sekvenaci (přečištěn).
Vy dodáváte:
My provádíme:
|
Požadavky na vzorky - RapidSeq (shodné s protokolem StandardSeq) |
Doba dodání výsledků:
Co můžete očekávat:
|
Vyhodnocení výsledků získaných protokolem RapidSeq probíhá bez zásahu lidské ruky. Každý výsledek je ihned po dokončení elektroforézy v sekvenátoru algoritmicky zpracován a automaticky odesílán klientům.
Dovolujeme si upozornit, že vlastní elektroforetická separace v sekvenátorech může generovat určité chyby, kterým nelze předejít, a které typicky mohou vyžadovat opakování elektroforézy. Současně se může stát, že automatický algoritmus vyhodnotí výsledky neoptimálně, i když elektroforéza proběhne v pořádku. Oba případy mohou vyžadovat zásah našeho operátora, jenž takový vzorek buď podrobí opakované elektroforéze nebo upraví parametry analýzy. K tomuto zásahu operátora ovšem při sekvenaci protokolem RapidSeq nedochází.
Příklady těchto chyb (a neoptimálních výsledků) jsou uvedeny zde.
Četnost výskytu elektroforetických separačních chyb je přibližně asi 1-2% (jeden až dva vzorky ze sta mohou vyžadovat opakování elektroforézy). Četnost výskytu neoptimálního automatického vyhodnocení nelze uvést, protože významně závisí na způsobu přípravy vzorků a jejich charakteru (např. GC obsahu, přítomnosti primerových dimerů apod.).
Opakovanou elektroforézu vzorků analyzovaných protokolem RapidSeq neprovádíme.