Sangerovo sekvenování je technika volby v situaci, kdy potřebujete zjistit nukleotidovou sekvenci jednotlivých fragmentů DNA, nejčastěji vektorových konstruktů nebo PCR amplikonů. Je založena na separaci fluorescenčně značených produktů sekvenační reakce pomocí kapilární elektroforézy v závislosti na jejich molekulové hmotnosti.
Nabízíme tyto protokoly Sangerova sekvenování:
- StandardSeq - Jedná se o nejběžnější protokol v naší nabídce Sangerova sekvenování. Zasíláte nám templát, který je připraven na vlastní sekvenaci (přečištěn).
- RapidSeq - Nejrychlejší protokol v naší nabídce Sangerova sekvenování. Vzorky pro protokol RapidSeq jsou v sekvenátorech analyzovány přednostně a jejich výsledky vyhodnocovány automaticky.
- ColonySeq - Sekvenování plazmidů přímo z bakteriálních kolonií a kultur, jako templát nám tedy zasíláte alikvot kultury nebo bakteriální kolonii vypíchnutou z agarové plotny.
- CleanSeq - Sekvenování PCR produktů, jehož součástí je i jejich enzymatické přečištění. Zasíláte nám tedy templát, který není připraven na vlastní sekvenaci a musí být nejprve přečištěn.
- HairpinSeq - Speciální protokol pro sekvenování problematických templátů. Součástí protokolu je obousměrná sekvenace. Zasíláte nám templát, který je připraven na vlastní sekvenaci (přečištěn).
Vyhodnocení výsledků:
S výjimkou protokolu RapidSeq provádí naši specialisté vyhodnocení výsledků ručně! Každý výsledek je před odesláním kontrolován a podle potřeby znovu analyzován, abychom z něj pro vás dostali maximum možného. Doporučujeme Vaší pozornosti články v našem Blogu, kde se průběžně věnujeme různým aspektům této metody včetně vyhodnocování výsledků.
Pro všechny protokoly můžete očekávat:
- Délku čtení až 1100 bp, přesnost čtení typicky > 99%
- Zdarma poskytnuté univerzální primery
- Výsledky on-line ve formátu .ab1, fasta a .phd.1
- Automatické zaslání emailu jakmile jsou výsledky k dispozici
- Neustálou interní kontrolu kvality
- Uchování vašich vzorků jeden týden, vašich výsledků dva roky
- Kvalifikovanou technickou podporu
Srovnání našich sekvenačních protokolů - ke stažení ZDE.
Vy dodáváte:
- Templátem je PCR produkt nebo plazmid.
- Templát musí být smíchaný se sekvenačním primerem.
- Pouze v případě, že chcete použít naše univerzální primery, dodáváte templát bez primeru.
Nejrychlejší protokol v naší nabídce Sangerova sekvenování. Všechny vzorky došlé do naší laboratoře (pro všechny protokoly) jsou zpracovávány současně, ale vzorky pro protokol RapidSeq jsou v sekvenátorech analyzovány přednostně a jejich výsledky vyhodnocovány automaticky. První výsledky tedy můžete čekat asi po 10 hodinách od doručení vzorků.
Vy dodáváte:
- Templátem je PCR produkt nebo plazmid.
- Templát musí být smíchaný se sekvenačním primerem.
- Pouze v případě, že chcete použít naše univerzální primery, dodáváte templát bez primeru.
Sekvenování plazmidů přímo z bakteriálních kolonií a kultur, jako templát nám tedy zasíláte alikvot kultury nebo bakteriální kolonii vypíchnutou z agarové plotny.
Vy dodáváte:
- Templátem je bakteriální suspenze. V samostatné zkumavce dodáváte i sekvenační primer(y).
- Pouze v případě, že chcete použít naše univerzální primery, dodáváte pouze templát bez primeru.
- Upozorňujeme, že počet primerů na objednávku je omezen (pro každých 8 vzorků nejvýše jeden primer).
Jedná se o sekvenování PCR produktů, jehož součástí je i jejich enzymatické přečištění. Zasíláte nám tedy templát, který není připraven na vlastní sekvenaci a musí být nejprve přečištěn.
Vy dodáváte:
- Templátem je nepřečištěný PCR produkt případně jiný vhodný templát. V samostatné zkumavce dodáváte i sekvenační primer(y).
- Pouze v případě, že chcete použít naše univerzální primery, dodáváte pouze templát bez primeru.
- Upozorňujeme, že počet primerů na objednávku je omezen (pro každých 8 vzorků nejvýše jeden primer).
HairpinSeq
Speciální protokol na vlásenky, GC-bohaté a další problematické sekvence. V ceně je obousměrná sekvenace!
Jedná se o speciální sekvenační protokol pro sekvenování problematických templátů, u nichž může docházet k náhlému zastavení sekvenační reakce typicky v důsledku přítomnosti nějakých sekundárních struktur a prudkému poklesu signálu. Součástí protokolu je obousměrná sekvenace. Zasíláte nám templát, který je připraven na vlastní sekvenaci (přečištěn).
Plazmid s GC bohatým úsekem, sekvenování protokolem StandardSeq (vlevo) a HairpinSeq (vpravo).
Vy dodáváte:
- Templátem je PCR produkt nebo plazmid.
- Jelikož se jedná o obousměrné sekvenování, musí být každý templát dodán ve dvou zkumavkách, smíchaný se sekvenačním primerem (F nebo R).
- Pouze v případě, že chcete použít naše univerzální primery, dodáváte templát bez primeru.