Půdní mikrobiom zahrnuje bakterie, houby, archaea a další mikroorganizmy, které hrají klíčovou roli v rozkladu organické hmoty, koloběhu živin a zlepšování struktury půdy. Tento složitý ekosystém pomáhá rostlinám lépe přijímat živiny, posiluje jejich odolnost vůči patogenům a celkově přispívá k udržitelnosti zemědělských systémů. Znalost složení půdního mikrobiomu může být zásadní pro optimalizaci zemědělských postupů a zlepšení kvality plodin.

Pro koho je analýza půdního mikrobiomu určena?

  • Zemědělci - Znalost složení půdního mikrobiomu vám může pomoci zlepšit kvalitu plodin, zvýšit výnosy a optimalizovat využívání hnojiv a pesticidů. Vědomí o přítomnosti prospěšných mikroorganismů může podpořit udržitelnější zemědělské praktiky a snížit náklady na chemické vstupy.
  • Vinaři a zahradníci - Mikrobiální společenstva mají přímý vliv na kvalitu a zdraví rostlin. Analýza půdního mikrobiomu vám může poskytnout důležité informace o tom, jaký vliv mají mikroorganismy na vaše rostliny, a pomoci vám přizpůsobit pěstební podmínky.
  • Ekologové a vědci - Pro výzkum ekologických procesů, obnovu degradovaných půd nebo monitorování environmentálních změn poskytuje analýza půdního mikrobiomu neocenitelná data o stavu půdních ekosystémů.

 

Půdní mikrobiom

Analyzujeme složení půdního mikrobiomu - bakterie, houby a další organizmy. Přínosné, patogenní, všechny. Pro lepší pochopení souvislostí s ohledem na využití půdy.

Poptávka

Příklad z praxe - Spolupracujeme s farmou regenerativního zemědělství v České republice na systematické analýze půdního mikrobiomu

Ve spolupráci s přední českou farmou regenerativního zemědělství aktuálně (2024) spolupracujeme na analýze rozsáhlého souboru půdních vzorků sebraných napříč Českou republikou.

Cílem této spolupráce je lepší pochopení souvislostí mezi složením půdního mikrobiomu a jeho vlivem na výsledky rostlinné výroby na obhospodařovaných i aktuálně nevyužívaných pozemcích, z nichž byly půdní vzorky odebrány. Součástí analýzy je i rozsáhlý soubor metadat, který nám umožňuje hledat a nacházet souvislosti.

Jedná se o studii vzniklou na základě zájmu klienta a nabídky společnosti SEQme, která je financována výhradně z interních zdrojů a není na ni poskytnuta žádná státní ani evropská podpora.

Máte-li zájem o spolupráci tohoto druhu, budeme velice rádi, pokud nás kontaktujete!

Kontaktujte nás!

Metodické přístupy

Analýzu mikrobiomu lze provádět v zásadě dvěma způsoby. Jednou z nich je analýza vybraných informativních markerů jako je gen pro 16S rRNA a další standardně používané nebo naopak specificky vybrané markery, vhodné pro hodnocení diverzity mikrobiálních populací. Jeden každý takový vhodně zvolený marker je schopen zachytit změny v diverzitě bakteriální komunity, nicméně tato analýza je typicky omezena čistě na detekci přítomných mikroorganizmů.

Pokud chceme mikrobiom analyzovat detailněji, vstupuje do hry alternativní technika tzv. hlubokého sekvenování (deep nebo shot-gun sekvenování). Touto metodou nejen že odhalíme identitu přítomných organizmů, ale jsme schopni provést i funkční profilování. Ve funkčním profilování jsou rekonstruovány přítomné biosyntetické dráhy mikroorganizmů zastoupených v mikrobiomu - analýza tedy alespoň částečně vypovídá o tom, co se v mikrobiomu "děje". 

Oba metodické přístupy mají svá pro a proti a jejich volba je věcí zadání a diskuze.

Jak probíhá zakázková analýza mikrobiomu?

  • Design studie - Na základě vašeho zadání společně stanovíme cíle analýzy mikrobiomu ve vašich vzorcích včetně širšího kontextu, typicky se jedná zejména o sběr metadat v souvislosti s odběrem vzorků. Vysvětlíme vám možnosti analýzy mikrobiomu sekvenačními technikami s ohledem na charakter studie i to, na jaké otázky můžete a na jaké naopak nemůžete očekávat odpověď. 
  • Odběr vzorků - Poskytneme vám instrukce pro odběr, skladování a přepravu a doporučíme vhodné odběrové soupravy. V případě zájmu, a pokud je to technicky možné, sami provedeme nebo asistujeme při odběru vzorků.
  • Extrakce DNA - Extrahujeme mikrobiální DNA.
  • Sekvenování - Analyzujeme mikrobiální složení vzorku technikami DNA sekvenování.
  • Bioinformatická analýza - Zpracujeme sekvenační data pomocí nástrojů a databází, které umožňují přesnou identifikaci mikroorganizmů, jejich funkčních schopností a jejich zastoupení ve vzorku.
  • Zpráva a interpretace výsledků - Poskytneme vám přehlednou zprávu o složení mikrobiomu v analyzovaných vzorcích. Ve spolupráci s vámi a na základě všech získaných dat se pokusíme výsledky v maximálním možném rozsahu interpretovat tak, abyste z nich mohli učinit závěry s ohledem na stanovené cíle projektu.

V případě zájmu o naše služby v oblasti analýzy půdního mikrobiomu nás kontaktujte.

 

Poptávka