Fragmentační analýza je metoda genetické analýzy zahrnující řadu technik, ve kterých jsou fragmenty DNA fluorescenčně značeny, separovány pomocí kapilární elektroforézy (CE) a jejich velikost je určena srovnáním s velikostním standardem.
Na našich genetických analyzátorech nabízíme provádění fragmentační analýzy například pro tyto účely:
- Autentizace buněčných linií
- Mikrosatelitní analýza (STR)
- Stanovení účinnosti editace genomu technikou CRISPR-Cas9
- SNP genotypizace a další
Fragmentační analýza umožňuje zjistit informace o velikosti fragmentů, provádět relativní kvantifikaci nebo genotypování. Metoda je založena na přípravě fluorescenčně značených fragmentů DNA pomocí PCR s použitím primerů navržených pro specifickou cílovou oblast.
Typický grafický výstup fragmentační analýzy - velikostně separované barevně značené píky. Na ose y je intenzita fluorescence využitelná např. pro relativní kvantifikaci, na ose x velikost DNA fragmentu v bp.
Výhody fragmentační analýzy:
- Multiplexování — alely pro překrývající se lokusy lze odlišit použitím různě fluorescenčně značených specifických primerů. Díky tomu lze analyzovat více než 20 lokusů v jediné reakci.
- Citlivost – Metoda umožňuje rozdělit fragmenty lišící se pouze o jeden pár bází.
- Jednoduchá příprava vzorků
- Snadná analýza dat
- Fragmentační analýza nevyžaduje znalost sekvence fragmentů
- Možnost relativní kvantifikace
Provádíme kapilární elektroforézu DNA fragmentů značených různými kombinacemi fluorescenčních barev (tzv. dye setů).
Vy dodáváte:
- PCR produkt nebo směs PCR produktů (případně jiný vhodný vzorek), které jsou fluorescenčně značené.
- PCR produkty nemusí být přečistěné, většinou plně postačí, pokud zašlete alikvot PCR reakce.
My provádíme:
- U některých dye setů dodáváme velikostní standard (viz Požadavky na vzorky)
- Kapilární elektroforézu vzorků
- Ruční vyhodnocení výsledků.
Doba dodání výsledků:
- Typicky do 24 hodin (pracovní dny) od doručení vzorků do naší laboratoře.
Co můžete očekávat:
- Možnost použít různé kombinace maximálně pěti fluorescenčních barev
- Výsledky on-line ve formátu .fsa
- Automatické zaslání emailu jakmile jsou výsledky k dispozici
- Neustálou interní kontrolu kvality, v případě nutnosti analýzy opakujeme
- Uchování vašich vzorků jeden týden, vašich výsledků dva roky
- Kvalifikovanou technickou podporu