Fragmentační analýza je metoda genetické analýzy zahrnující řadu technik, ve kterých jsou fragmenty DNA fluorescenčně značeny, separovány pomocí kapilární elektroforézy (CE) a jejich velikost je určena srovnáním s velikostním standardem.

Na našich genetických analyzátorech nabízíme provádění fragmentační analýzy například pro tyto účely:

  • Autentizace buněčných linií
  • Mikrosatelitní analýza (STR)
  • Stanovení účinnosti editace genomu technikou CRISPR-Cas9
  • SNP genotypizace a další

Fragmentační analýza umožňuje zjistit informace o velikosti fragmentů, provádět relativní kvantifikaci nebo genotypování. Metoda je založena na přípravě fluorescenčně značených fragmentů DNA pomocí PCR s použitím primerů navržených pro specifickou cílovou oblast. 

Typický grafický výstup fragmentační analýzy - velikostně separované barevně značené píky. Na ose y je intenzita fluorescence využitelná např. pro relativní kvantifikaci, na ose x velikost DNA fragmentu v bp.

 

Výhody fragmentační analýzy:

  • Multiplexování — alely pro překrývající se lokusy lze odlišit použitím různě fluorescenčně značených specifických primerů. Díky tomu lze analyzovat více než 20 lokusů v jediné reakci.
  • Citlivost – Metoda umožňuje rozdělit fragmenty lišící se pouze o jeden pár bází.  
  • Jednoduchá příprava vzorků
  • Snadná analýza dat
  • Fragmentační analýza nevyžaduje znalost sekvence fragmentů
  • Možnost relativní kvantifikace

 

 

Kapilární elektroforéza

Kapilární elektroforéza značených DNA fragmentů standardně v rozsahu do max. 1200 bp. Dodáváte PCR produkt nebo směs PCR produktů (případně jiný vhodný vzorek), které jsou fluorescenčně značené.

Objednávka Požadavky na vzorky Schránky na vzorky Máte dotaz?

Provádíme kapilární elektroforézu DNA fragmentů značených různými kombinacemi fluorescenčních barev (tzv. dye setů). U některých dye setů dodáváme velikostní standard (viz Požadavky na vzorky).

Provádíme ruční vyhodnocení výsledků s dodáním typicky tentýž den, kdy jsou vaše vzorky doručeny do naší laboratoře.

Co můžete očekávat:

  • Možnost použít různé kombinace maximálně pěti fluorescenčních barev
  • Výsledky on-line ve formátu .fsa
  • Automatické zaslání emailu jakmile jsou výsledky k dispozici
  • Neustálou interní kontrolu kvality, v případě nutnosti analýzy opakujeme
  • Uchování vašich vzorků jeden týden, vašich výsledků dva roky
  • Kvalifikovanou technickou podporu