Objednejte si takovou sekvenační kapacitu, jakou skutečně potřebujete
Na sekvenátorech Illumina nabízíme pro zpracování vašich vzorků tyto možnosti:
Objednáváte | Sekvenační dráhu nebo flowcellu | ShareSeq datový balíček |
Na co je služba vhodná | Spíše větší projekty s nižší cenou na datovou jednotku (např. na jeden milión readů) | Spíše menší až střední projekty s nižší celkovou cenou |
Dostupná sekvenační nastavení | Paired-end 150b, Paired-end 250b | |
Kapacita | Od 375 Gb dat výše | Od 1 Gb dat výše |
Záruka | Objem dat, která můžete očekávat, je určen přibližně. Většinou dodáváme větší objemy, než je uvedeno ve specifikacích. | Pokud připravujeme knihovny, pak garantujeme objem dat uvedený ve specifikacích ShareSeq datových balíčků! |
Příprava knihoven | Náš tým nebo vy | |
Typ knihoven | Bez omezení | |
Adaptery | Kompatibilní se standardními sekvenačními primery Illumina. | |
Indexy | Výhradně duální indexy. Pokud připravujete knihovny sami a nechcete/nemůžete použít duální indexy, vždy nás nejprve kontaktujte. | |
Výstupy | Standardní (běžně používané formáty dat apod.). Pokud objednáváte dráhu nebo flowcellu, můžete od nás dostat i nedemultiplexovaná data, v případě balíčků ShareSeq to není možné. |
Specifikace a ceny jsou k dispozici zde.
Kdy využít celou dráhu / flowcellu a kdy využít ShareSeq datové balíčky?Způsob zpracování vzorků je v obou případech totožný. Primárně jsou ShareSeq datové balíčky vhodné pro projekty malého až středního rozsahu, kdy je vyžadována poměrně nízká sekvenační kapacita na vzorek a nevyplatí se hradit sekvenování na celé dráze. Současně velmi doporučujeme ShareSeq i v případech, kdy provádíte velké a nákladné sekvenační projekty a chcete si předem něco otestovat - např. úspěšnost ribo-deplece či jiného způsobu nabohacení specifické frakce genomu/transkriptomu, míru mapování na referenční sekvenci, výskyt očekávaných organismů atp. V případě datových balíčků ShareSeq budou vaše vzorky analyzovány společně se vzorky jiných klientů. Pokud provádíte sami přípravu knihoven, je naprosto kritické, abyste nám poskytli přesné informace o postupu přípravy, použitých indexech apod. Tyto informace budou požadovány při zadávání objednávky do našeho systému. Jako vzorky můžete v obou případech dodat jakýkoliv templát (DNA/RNA), který lze zpracovat standardními postupy přípravy knihoven dle našeho ceníku. Knihovny budou připraveny našimi standardními protokoly a poolovány tak, abyste získali požadovaný výstup (počet readů). |
V případě technologie Illumina nabízíme přípravu těchto typů knihoven:
Pokud si chcete knihovny připravit sami, je nutné nám je zaslat jako jeden pool. Před vlastní sekvenací vždy provádíme kontrolu kvality vámi připravených knihoven.
Získané sekvence budou roztříděny dle kombinace indexů do souborů reprezentujících jednotlivé vzorky a bude provedena analýza ukazatelů kvality sekvenace, jako je počet a délka sekvencí, phred score, %GC, úroveň duplikace atp. Jako výstup obdržíte data ve formátu FASTQ rozdělená do souborů dle jednotlivých vzorků. Tyto základní úkony analýzy jsou zahrnuty do služby Analýza dat Basic, která je povinnou součástí každé sekvenace.
U některých typů analýz, např. při sekvenování exomů, nabízíme standardní zpracování výsledků. Tato Analýza dat Advanced je zpoplatněna podle počtu vzorků a její objednání je volitelné. Pokud o ni nemáte zájem, obdržíte pouze FASTQ soubory (výše).
Jelikož každý sekvenační projekt má specifické požadavky stran analýzy dat, nabízíme analýzu dat dle vaší specifikace - Analýza dat Custom. Naši bioinformatici vám mohou pomoci s jakoukoliv analýzou dat. V případě, že máte o tuto službu zájem, je nutná individuální konzultace, ideálně již při přípravě projektu.
Asi 4 týdny (nezahrnuje analýzu dat)
Pokud s NGS začínáte nebo si chcete prohloubit své znalosti, doporučujeme vám účast na našem dvoudenním úvodním kurzu NGS. Případně si vyberte nějaký jiný kurz z naší nabídky.