Technologie sekvenování nové generace (NGS) hrají stále větší roli ve všech oblastech vědy, ve výzkumu i diagnostice. Zejména technologie firmy Illumina dnes představuje klíčovou součást práce každé rutinní diagnostické nebo výzkumné laboratoře zaměřené na DNA sekvenování.
|
Tato technologie generuje obrovské objemy dat, jejichž zpracování vyžaduje, ačkoliv to tak mnohdy není prezentováno, expertní znalosti v používání Illumina BaseSpace Sequence Hub a v následné relativně standardizované analýze hrubých dat, po níž obvykle následuje naopak velmi specifická pipeline zohledňující konkrétní aplikaci. Existuje mnoho komerčních softwarových balíků, které reflektují různé potřeby uživatelů technologie a jejich požadavky na finální zpracování výsledků a snaží se jim určité kroky tohoto procesu usnadnit, což ale mnohdy vede k paradoxní situaci „použití bez pochopení“. Vybrané aplikace pak vyžadují znalost specifických procedur pro zpracování dat – pro tyto účely odkazujeme na naše workshopy zaměřené např. na detekci mutací (variant calling), RNASeq, analýzu mikrobiomu apod. |
 |
Každopádně v zásadě všichni uživatelé technologie Illumina potřebují pracovat s BaseSpace Sequence Hub za účelem základního zpracování dat ze svých přístrojů a také používat vybrané navazující nástroje například ke kontrole kvality dat.
Workshop Rutinní používání technologie Illumina ve vaší laboratoři vám umožní detailně se seznámit s tím, jak technologie Illumina generuje data a jakým způsobem je třeba kontrolovat jejich kvalitu. Cílem workshopu je naučit vás používat BaseSpace Sequence Hub a následně provést rutinními kroky analýzy dat prováděnými před tím, než postoupíte k navazujícím aplikačně-specifickým krokům tohoto procesu. Výsledkem našeho třídenního workshopu by měla být vaše schopnost vyhodnotit kvalitu datasetu generovaného sekvenátory Illumina a tento dataset vyčistit, abyste získali vysoce kvalitní dataset. Což je podstatný rozdíl.
Komu je workshop určen?
- Workshop je vhodný zejména (nejen) pro uživatele přístrojů Illumina, například operátory přístrojů z diagnostických laboratoří, pro které je snadné použití nejen výrobcem poskytovaných nástrojů a rychlé zpracování dat vedoucí ke kvalitním výstupům nutností v jejich každodenní rutině.
- Dále je mimořádně vhodný např. pro aplikační nebo prodejní specialisty z firem, které dodávají diagnostické soupravy na bázi NGS a od nichž jejich klienti – personál diagnostických laboratoří očekávají pomoc a podporu při jejich používání.
- V neposlední řadě je určen i pro všechny ostatní zájemce o uvedenou technologii.
Akce je tedy určena pro vás, pokud jste:
- Laboratorní pracovníci – biologové a/nebo bioinformatici, kteří se zajímají nebo provádějí sekvenování DNA pomocí technologie Illumina v diagnostických a výzkumných laboratořích.
- Podpůrný personál, např. specialisté firem zabývajících se dodávkami na NGS-založených diagnostických souprav, souprav na tvorbu knihoven apod.
- Workshop je vhodný i pro začátečníky, není nutná předchozí zkušenost s technologiemi NGS.
- Pokud nemáte o NGS vůbec žádné znalosti, ani terminologické, doporučujeme vám zvážit účast na našem kurzu Úvod do sekvenování nové generace.
- V případě pochybností nás neváhejte kontaktovat.
Předpoklady:
- Předpokladem je počítačová gramotnost a základní znalosti molekulární biologie.
- Znalost jazyka BASH a používání terminálu není nutná, ale výhodná (prohlédněte si některé z volně dostupných manuálů, např. na tomto odkazu).
Co se naučíte?
- Seznámíte se s principy technologie sekvenování Illumina a rozhraním BaseSpace Sequence Hub.
- Získáte kompletní popis nejběžnějších datových formátů NGS a jejich použití při následné analýze dat.
- Po tomto třídenním workshopu budete schopni profesionálně vyhodnotit výsledky sekvenování a ověřit kvalitu dat včetně odstranění nekvalitních a nežádoucích dat, např. kontaminací.
- Budete mít možnost komunikovat se zkušenými přednášejícími a ostatními účastníky
Program:
|
|
Přednášející:
Tým přednášejících je složen z profesionálů, zaměstnanců firmy SEQme a případně pozvaných hostů – odborníků na dané téma, kteří se dlouhodobě věnují různým technologiím Next-Generation sekvenování. Zaměřují se nejen na analýzu dat, ale i na laboratorní zpracování vzorků v NGS laboratoři, návrh NGS projektů a další související úkony a jsou tudíž schopni poskytnout komplexní vhled do celé problematiky v souvislostech.
Jak akce probíhá?
- Jedná se o workshop kombinující přednášky a praktická cvičení. Budete sami na poskytnutých počítačích provádět analýzu dat pod dohledem zkušených instruktorů.
- Poslední den workshopu dostanete bootovatelný USB disk, na němž budou uloženy všechny použité nástroje a všechna Vámi analyzovaná data. Odnesete si svou třídenní práci s sebou a můžete na ni kdykoliv navázat po návratu do své laboratoře!
Organizační informace:
- Jazyk: Angličtina
- Registrační poplatek zahrnuje tištěné prezentace ke kurzu/workshopu, obědy a občerstvení.
- Případné ubytování a cestovní výdaje si účastníci zajišťují a hradí sami.
- Upozorňujeme, že během akce nejsou prováděny žádné laboratorní experimenty.
Speciální nabídka:
Všechny naše kurzy a workshopy lze uspořádat rovněž na vašem pracovišti, pro vaši pracovní skupinu. Tedy jako akci na míru. Některé z našich akcí dokonce takto – na požadavek klienta – vznikly. Výhodou tohoto formátu je samozřejmě možnost připravit akci na klíč pro váš tým, reflektovat vaše specifické požadavky a potřeby, včetně možnosti pracovat s vašimi daty. V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat.
