Data (výsledky) můžete od nás dostat v libovolném formátu. Pokud však nemáte žádné konkrétní požadavky, obdržíte od nás následující standardní výstupy sekvenování:

Technologie Illumina

Data

• Single-end sekvenování - 1 samostatný soubor FASTQ pro každou subknihovnu (tj. každý index nebo kombinaci indexů)
• Paired-end sekvenování - 2 samostatné FASTQ soubory (Mate1.fastq a Mate2.fastq) pro každou subknihovnu (tj. každý index nebo kombinaci indexů)
• Data budou de-multiplexována na základě kombinace indexů a adaptérů a komprimována ve formátu .gz.

Zprávy

• Zpráva o kontrole kvality vzorků (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
• Zpráva o kontrole kvality knihovny (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
• Zpráva o sekvenování (základní statistika, použité reagencie)
• Popis zpracování hrubých dat
• MultiQC zpráva (formát html)

Technologie PacBio

Data

• CLR mode (Continuous Long Read) – CLR ready ve formátu BAM a fastq
• CCS mode (Circular Consensus Sequencing) – HiFi ready ve formátu BAM a fastq
• Data budou de-multiplexována podle přiřazených SMRT indexů a adaptérů, doplněna informací o použitých indexech ve formátu .pbi (např. demux.subreads.bam + demux.subreads.bam.pbi a demux.CCS.bam + demux.CCS.bam.pbi)

Zprávy

• Zpráva o kontrole kvality vzorků (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
• Zpráva o kontrole kvality knihovny (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
• Zpráva o sekvenování (základní statistické zhodnocení - počet bází a readů, průměrná délka readů, N50)

Technologie Oxford Nanopore

Data

• Data ve formátu FAST5 (raw data) v členění:
  • fast5_pass - obsahuje raw ready před basecallingem, které prošly kontrolou kvality
• Data ve formátu FASTQ v členění:
  • fastq_pass - obsahuje .fastq které prošly kontrolou kvality

Zprávy

• Zpráva o kontrole kvality vzorků (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
• Zpráva o kontrole kvality knihovny (passed / not passed, použité reagencie a změřené parametry)
• Zpráva o sekvenování (základní statistika, použité reagencie)
• Popis zpracování hrubých dat
• Zpráva o sekvenování (html formát)

Naši bioinformatici vám mohou poskytnout jakýkoli datový výstup, který budete potřebovat, včetně vývoje postupu analýzy dat na míru vašim potřebám a výsledkům. Pro více informací nás prosím kontaktujte.