Klienti naší sekvenační laboratoře často požadují přípravu sekvenačních knihoven pomocí rRNA deplece (ribodeplece), tedy včetně odstranění rRNA. Jelikož se někdy setkáváme s tím, že výsledky odstranění rRNA jsou neuspokojivé, prováděli jsme v naší laboratoři níže popsané testy.
Sekvenační technologie Illumina bývá běžně označována jako short-read technologie. V praxi to znamená, že typicky produkuje ready o délce řádově stovek bází. Aktuálním technologickým maximem co se délky čtení týká je souprava pro přístroj MiSeq, která umožňuje čtení až 600 b (nastavení 2x300). V tomto článku jsme se podívali blíže na některé problémy spojené s tímto typem sekvenace.
Sekvenační technologie Illumina na trhu aktuálně dominuje. Poskytuje celou řadu výhod ve srovnání s ostatními technologiemi, ale to bohužel neznamená, že je zcela bez nedostatků.
Kdybych dostal zaplaceno pokaždé, když odpovídáme na otázku “Jak mám měřit koncentraci DNA nebo RNA na přípravu NGS knihovny?”, tak bych nepsal tento příspěvek. Byl bych někde na jachtě okolo řeckých ostrovů. Ale jelikož na žádné jachtě nejsem, říkal jsem si, že bych mohl dát dohromady několik dobrých důvodů, proč není používání Nanodropu pro tyto účely zrovna ten nejlepší nápad.
