Ačkoli v současné době technologie Next-Generation sekvenování (NGS) generují dostatečné množství dostatečně kvalitních dat potřebných pro de novo assembly genomů organismů, u kterých zatím není známá referenční sekvence, samotný proces sestavení genomu je pro bioinformatiky stále velkou výzvou. V tomto článku se pokusíme nastínit problematiku assembly a ukázat možná řešení.